La historia de Bora Bora muestra que los primeros pobladores de la isla en el siglo cuarto eran de Tonga. Los primeros exploradores europeos que visitaron la isla fueron liderados por James Cook.
También se dice que en 1842 la isla se convirtió en una colonia de Francia, bajo la dirección del almirante Abel Aubert Dupetit Thouars.
Durante la Segunda Guerra Mundial, Estados Unidos tomó a Bora Bora como base para el suministro militar, depósito de petróleo, pista de aterrizaje y la base de hidroaviones. También construyeron fortificaciones defensivas alrededor de la isla. Afortunadamente, ningún combate tuvo lugar aquí y la presencia de las tropas estadounidenses parecía ser aceptada por las fuerzas de la oposición.
De acuerdo con la historia de Bora Bora, la Base Militar de los Estados Unidos cerró oficialmente el 02 de junio 1946 tras el fin de la guerra. Sin embargo, muchos estadounidenses se negaron a abandonar la isla, ya que se había convertido en un hogar. Se pidió incluso por la fuerza a algunos estadounidenses que abandonaran la isla. La base abandonada se convirtió en el único aeropuerto internacional de la Polinesia Francesa, hasta que el aeropuerto internacional de Faa’a se abrió en el 1962 en Papeete, Tahiti.
Hoy la Isla de Bora Bora se basa en gran medida en el turismo y debido a esto los siete resorts de lujo fueron construidos en los últimos años. El hotel Bora Bora fue el primero en construir bungalow sobre el agua utilizando zancos que son ahora un hecho de cada resort en la isla, ya que estos bungalows ofrecen vistas espectaculares de lagunas y montañas.
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